Peamised probleemid inimõiguste vallas on Eestis on järgmised:

• Valitsuse tegevus koduvägivalla vastu võitlemisel ei ole olnud piisav. Näiteks ei ole seda eraldi sättena Eesti karistusseadustikus (KarS), mistõttu puuduvad põhjalikud andmed ja statistika juhtumite kohta. Puudub laiaulatuslik analüüs ohvritele mõeldud kaitsemehhanismide tõhususe osas.
• Kriminaaljuhtumite menetlus on liiga pikk. Endiselt on probleemne ka riigi õigusabi süsteem.
• KarS vaenu õhutamise säte on oma tänases sõnastuses liialt kitsas. See nõuab isiku süüdi mõistmiseks reaalse ohu tõestamist ohvri elule või tervisele. See ebamõistlikult kõrge künnis teeb antud sätte kasutuks.
• Võrdse kohtlemise seadusel pole olnud loodetud mõju. Seda inimeste vähese õigusteadlikkuse ning Soolise võrdõiguslikkuse ja võrdse kohtlemise voliniku piiratud rahaliste ressursside tõttu. Voliniku rahastamist ja asjaomaste valitsusväliste organisatsioonide osatähtsust tuleks suurendada.
• Valimiste eelse välireklaami keeld tuleks üle vaadata ning leida põhjalikum lahendus.
• Vangide valimisõiguse piirang tuleks üle vaadata ja asendada Strasbourgi kohtule sobivate kriteeriumitega.
• Vene rahvusvähemuste temaatikale tuleks läheneda kodanikukeskselt ja objektiivsemalt, liikudes liialt eesti keele õppimise kesksest poliitikast edasi väärtuste-kesksele poliitikale. Eesti ja vene kogukonna vahel on endiselt suur majanduslik, sotsiaalne ja poliitiline eraldatus ning paranemisemärke ei ole. Positiivne samm on Õiguskantsleri ettepaneku muuta kodakondsuse seadust selliselt, et pikaajaliselt Eestis elanud kodakondsuseta inimeste lapsed, kes on Eestis sündinud, saavad kodakondsuse vaikimisi.
• LGBT (lesbi, gei, bi, trans) inimesed ei saa abielluda ega registreerida oma partnerlust. Parendades punkte 3 ja 4, aitaks see kaasa ka LGBT inimeste olukorra parendamisele.
• Varjupaigataotlejate ja pagulaste praegune asukoht on Illuka varjupaigataotlejate vastuvõtukeskus, mis asub Tallinnast 220 km kaugusel Vene piiri äärses metsas. Lisaks sellele raskendab abi andmist varjupaiga taotlejatele ka ebapiisav keskuse rahastamine.