Eesti Inimõiguste Keskuse nõukogu seab pikaajalisi eesmärke ning teostab järelevalvet tegevuse üle.
Nõukogusse kuuluvad:
- Katrin Merike Nyman-Metcalf (nõukogu esinaine) – alates 2011
- Jevgeni Krištafovitš – alates 2011
- Paloma Krõõt Tupay – alates 2019
- Märt Väljataga – alates 2019
- Toomas Käbin – alates 2021
- Klemens Arro – alates 2024
Endised nõukogu liikmed:
- Andi Hektor 2021 – 2023
- Olga Sõtnik 2016-2021
- Piret Mårtensson 2016 – 2022
- Helen Sildna 2016 – 2018
- Urmas Sutrop 2013 – 2017
- Tanel Mätlik 2013 – 2016
- Tanel Kerikmäe 2009 – 2016
- Iivi Anna Masso 2011 – 2016
- Evhen Tsybulenko 2009 – 2013
- Ülle Madise 2009 – 2011
- Dmitri Rõbakov 2009 – 2011